Згідно до «Положення про організацію освітнього процесу в Європейському медичному університеті » мовою викладання в ЄМУ є державна мова (українська), але з метою створення умов для міжнародної академічної мобільності за рішенням Ученої ради Університету, затвердженого ректором, дисципліни можуть викладатися іноземною мовою (англійською).